科学施用肥料首先要以上述4个施肥理论为基础，以高产、优质、高效、无污染、改良培肥土壤为目标，不仅要根据肥料的性质、作物营养的特点，而且要考虑土壤肥力、栽培制度（地膜覆盖下的科学施肥、不同轮作制度和间作套种的科学施肥）、灌溉与施肥相结合等因素。

根据对作物的有效性可将土壤养分分为速效养分、缓效养分和无效养分；根据在土壤中的存在形态可将土壤养分分为水溶态、交换态、矿物态和有机态。